Der MFT wurde als erste Versammlung der medizinischen Fakultäten des Deutschen Reiches unter dem Vorsitz von Prof. Dr. Adolf Schmidt am 04. Januar 1913 in Halle/Saale gegründet, auf der Grundlage des Auftrages von Staat und Gesellschaft, Forschung und Lehre in der Medizin autonom und unabhängig zu gestalten und die Krankenversorgung in den Universitätskliniken auf modernstem Erkenntnisstand verantwortlich zu praktizieren.

Bereits auf dem Fakultätentag 1914 wurde beschlossen, daß jede Fakultät ein Stimmrecht erhält und durch einen Delegierten offiziell vertreten wird.

Frühzeitig bestand man auf der Unabhängigkeit des MFT, Beschlüsse sollten nach abschließenden Beratungen durch eigens eingesetzte Kommissionen den Fakultäten kenntlich gemacht und dann erst politischen Organen bekanntgegeben werden. Für die Fakultäten wiederum waren die Beschlüsse des Fakultätentages nicht bindend, sondern sollten nur Empfehlungscharakter haben (1925).

Der erste Satzungsentwurf wurde im Mai 1927 in Halle vorgelegt und abgelehnt. Dennoch wurde auch in der Folgezeit zum Zweck der besseren Umsetzung von gemeinsamen Zielen der Ruf nach einer strafferen Organisation immer lauter. Ende 1928 schließlich hatte man der Bildung eines sogenannten "Ständigen Dreiköpfigen Ausschusses des Fakultätentages" mit lediglich exekutiver Funktion stattgegeben. Ebenso wurde die Funktion des "Ständigen Fakultätsvertreters" ins Leben gerufen, während der Fakultätentag selbst an wechselnden Tagungsorten ausgetragen werden sollte.

Zur Verabschiedung einer neuen Satzung kam es nach den Kriegsjahren erst 1950 in München. Die bis dahin geltende Regelung, daß der jeweils gastgebende Dekan federführender Vorsitzender bis zum darauffolgenden Fakultätentag bleibt, wird beibehalten. Ein auf drei Jahre gewählter ständiger Ausschuß aus 4 Mitgliedern stand dem jeweils Vorsitzenden dabei zur Seite.

Nachdem man feststellen mußte, daß die Beschlüsse des MFT geringe Auswirkungen zeigten, kam es 1952 zu einer umfassenderen Satzungsänderung, wonach fortan jede Fakultät einen 2-jährlich wechselnden Vertreter zum Fakultätentag entsendete, zusätzlich gab es einen auf drei Jahre gewählten Dauervertreter. Der Vorsitzende blieb nunmehr erstmalig für drei Jahre im Amt. Als wohl wichtigste Neuerung ist zu erwähnen, daß die Beschlüsse des Fakultätentages künftig bindende Wirkung für alle Fakultäten haben sollten. Ein von der gemeinsamen Linie abweichendes Handeln mußte von der jeweiligen Fakultät dem Vorsitzenden mit Begründung dargelegt werden.

1957 wurde der Westdeutsche Medizinische Fakultätentag gegründet, dessen Satzung auch die Einberufung von sogenannten "Außerordentlichen Fakultätentagen" miteinschließt.

In Jahre 1968 ergänzte man die Satzung, die bereits eine Zusammenführung der Satzungen von 1952 und 1957 darstellte, derart, daß die Beschlüsse des Fakultätentages nur dann für die Mitglieder bindend sein sollten, wenn sie den Fakultäten in angemessener Frist vor den Sitzungen unterbreitet wurden und zwei Drittel der Mitglieder zugestimmt hatten.
Ebenfalls 1968 wurde auf dem Außerordentlichen Fakultätentag in Frankfurt eine in Zusammenarbeit mit der Bundesärztekammer erarbeitete Änderung der Satzung verabschiedet. Diese legte nun eindeutig dar, daß die Beschlüsse des WMFT lediglich Empfehlungen für die Fakultäten darstellen, eine Abweichung dennoch schriftlich zu begründen ist.

Zur effizienteren Erarbeitung gemeinsamer Leitlinien hatte die Einberufung spezieller Kommissionen bereits seit 1952 zunehmend an Bedeutung gewonnen. 1967 schließlich führten Beanstandungen seitens der Bundesärztekammer wie auch von politischen Vertretern - bezüglich der mangelnden Kontinuität des WMFT - zur Bildung einer Fachvertreterkommission, deren erarbeitete Vorschläge jedoch nicht die notwendige Akzeptanz bekamen. Dennoch setzte sich der Trend, verabschiedungsreife Entwürfe zu einzelnen Themen in Kommissionen erarbeiten zu lassen, weiter fort. Dies ersparte den Teilnehmern der Fakultätentage längere Diskussionen mit vielen Gesprächsteilnehmern und führte letztlich auch dazu, daß vorbereitete Entwürfe zunehmend in einstimmigen Resolutionen angenommen werden konnten, nachdem Unstimmigkeiten bereits bei der Kommissionsarbeit erörtert und beigelegt worden waren.
1969 erlaubte die Novellierung der Satzung dem Fakultätentag, Beschlüsse auch schriftlich zu fassen, so daß Tagungen, die ausschließlich der Beschlußfassung dienten, entbehrlich wurden.

Erstmalig 1972 gab es im Anschluß an den Fakultätentag eine Pressekonferenz, womit die Rolle des WMFT als maßgebliches Gremium und Vertretung der Medizinischen Fakultäten unterstrichen wurde.

Nach der Wiedervereinigung erfolgte die Aufnahme der medizinischen Ausbildungsstätten aus dem Beitrittsgebiet, gemäß Art. 3 Einigungsvertrag beim Ordentlichen Medizinischen Fakultätentag 1991 in Homburg, nachdem bereits seit 1989 enge Kontakte angebahnt worden waren, die im Mai 1990 zur Gründung der "Gemeinsamen Kommission" als Verbindung zwischen MFT und diesen Ausbildungsstätten geführt hatten.